El departamento de Chontales se deriva del vocablo indígena Chontal, que significa pueblo de afuera o extranjero. Según datos arqueológicos, las primeras tribus Chontales poblaron estas zonas entre el año 600 y 630 de la era cristiana. Se sabe que estas tribus eran aguerridas y fueron una de las últimas en ser sometidas por los españoles durante la conquista del territorio Nicaragüense.

   No existe un registro oficial sobre la fundación del departamento de Chontales, pero era de hecho uno de los 7 departamentos que poseía el país en el siglo XIX. La ciudad de Juigalpa, cabecera departamental, presenta un registro histórico de muchos siglos, y aunque esta población ya existía como un asentamiento indígena, sólo se menciona en el año 1659, cuando el alcalde de aquella época, Don Jerónimo de Villegas, solicita tierras a los representantes españoles asentados en Guatemala. El 24 de abril de 1668 puede ser considerada la fecha de fundación de esta ciudad y quizás del departamento como tal, ya que en esa época fue aprobada tal solicitud.

   La ciudad de Juigalpa fue elevada al rango de Villa el 4 de febrero de 1862 y a ciudad el 27 de enero de 1879. En 1935 la extensión territorial del departamento se ve reducida con la creación del departamento de Boaco y luego en 1949 con la separación del territorio de lo que hoy es el departamento de Rio San Juan.

   Chontales sirve de entrada a la región del atlántico de Nicaragua, razón por la cual tiene una floreciente economía. Sus principales actividades económicas radican en la ganadería. Hospeda en su territorio el valle de Mayales y la sierra de Amerrisque (hoy una reserva natural), que ha sembrado incertidumbre sobre su influencia en el origen del nombre del continente.